Бактерии, живущие в кишечном тракте, являются территориальными паразитами. Когда в организм прибывают новейшие бактерии, «коренное население» борется с ними при помощи лекарств. Захватчики реагируют на это выработкой иммунитета к схожим соединениям. Так что «родные» бактерии людского кишечного тракта разрабатывают всё наиболее мощные лекарства. Эта война, вероятнее всего, ведётся в кишечниках людей уже почти все тысячелетия, но у учёных до недавнего времени не было тому существенных доказательств.
Сейчас же всё поменялось благодаря неожиданной находке из бельгийского городка Намюр. Во время работ по развитию городка в 1996 году там были обнаружены исторические… испражнения. Раскопки под городской площадью нашли на глубине в четыре метра средневековые туалеты. Каждый содержал по запечатанному бочонку с отходами жизнедеятельности человека возрастом в 700 лет.
Палеомикробиологи осторожно извлекли окаменелые какашки (копролиты) из бочек, чтоб не допустить попадания современных микробов либо вирусов. Им принципиально было сохранить возможность учить только средневековые микромиры. В конце концов, эталоны были исследованы в вирусологической лаборатории Кристель Дезну (Christelle Desnues) при Исследовательском институте инфекционных и тропических заболеваний в Марселе, Франция.
Команда Дезну исследовала копролиты при помощи электронной микроскопии и нашла вирусоподобные структуры в каждом образце. Когда исследователи упорядочили геномы всех вирусов, оказалось, что это были так именуемые бактериофаги - вирусы, избирательно поражающие бактериальные клеточки. Фаги способны брать гены от одной бактерии и передавать их иной. (Забирая чужие гены сам бактериофаг наращивает свою вирулентность. Следующая передача генов бактериям-хозяевам время от времени даёт им эволюционное преимущество. Так, исследователи следили, что смена генов современными фагами может спровоцировать устойчивость к лекарствам у микробов, вызывающих инфекции.
Дезну и её команда нашли, что геномы фагов из копролитов «заполнены» генами стойкости к лекарствам. Это подтверждает, что бактериофаги являются типичным старым резервуаром «защитных» генов как минимум со средних веков.
«Удивительно, но древнейшие какашки проявили нам больше генов стойкости к лекарствам, чем какашки современного человека, - комментирует результаты исследования Джереми Барр (Jeremy Barr), микробиолог из института Сан-Диего. - Ежели это копролиты рядового представителя собственного времени, то понижение численности таковых генов со временем может означать, что современная обработка товаров питания и санитария водоснабжения ослабили оборонную систему пищеварительных бактерий».
Исследовательская группа также нашла, что фаги располагали метаболическими генами, которые оснащали «принимающих» микробов возможностью обрабатывать жиры и аминокислоты, что делает их очень полезными для людского кишечного тракта, ведь участники пищеварительного микробиома могут помогать людям переваривать еду и биться с ожирением. Подробности исследования старых какашек были размещены в издании Applied and Environmental Microbiology.